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Gene Ontology 的GO注释的可视化
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Gene Ontology 的GO注释的可视化@TOC 利用goatools和PyGraphviz可视化最近因为项目的原因，需要对GO terms的注释进行可视化，在此之前已经使用visio自己画了可视化的图(天啊，工作量真的好大，画起来太麻烦啦！)。偶然间发现了一个goatools这个可视化的工具，发现自己之前写太多代码了，明明可以直接掉包的==!。 可视化的时候，必须要安装PyGraphviz。 安装PyGraphviz工具的准备以及过程因为pyGraphviz的官网只能支持Python2.7的版本，所以只能使用conda重新安装一个虚拟环境了： 安装Python2.7虚拟环境 ，conda create --name py2 python=2.7，因为只需要做可视化，只用导入必要的包就可以了，暂时不用安装其他的库；安装graphviz-2.38.msi ，安装完成之后，在系统环境变量中添加PATH=C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin，如果没有添加路径，goatools就无法画图 链接：https://pan.baidu.com/s/1SeQeiZfG-N7iKnoIT0YNRg 提取码：u4wl安装pygraphviz-1.3.1-cp27-none-win_amd64.whl ，用pip下载容易出错，下载完成后直接 pip install pygraphviz-1.3.1-cp27-none-win_amd64.whl；安装完成后用一小段代码看是否安装成功； import pygraphviz as pyg g=pyg.AGraph() #建立图 g.add_node('A') #建立点 g.add_edge('A','B') #建立边 g.add_edge('A','C') #建立边 g.layout(prog='dot') #绘图类型 g.draw('pyg1.png') #绘制如果能显示出一张pyg1.png则说明安装成功 可视化多个GO term的列表画出下面的这个列表的所有的GO terms的DAG图 ['GO:0004176','GO:0042802','GO:0005117','GO:0009376','GO:0005515']首先需要下载对应的go-basic.obo文件。 代码实现如下： node_temp=['GO:0004176','GO:0042802','GO:0005117','GO:0009376','GO:0005515'] go=obo_parser.GODag('../data/go-basic.obo',optional_attrs='relationship') recs=[] for node in node_temp: rec=go.query_term(node) recs.append(rec) # 设置draw_children=False,否则画出的图将非常庞大！ go.draw_lineage(recs,draw_children=False)画出的图如下： 背景：非root用户，并且没有权限 看了很多的博客和Stackoverflow，关于CentOS安装PyGraphviz的经验真的是少之又少，对于非root用户，更没有了。。。。。。 这里列出两种，并且其中一种无效。 方法一： pip install graphviz # 发现安装成功 pip install pygraphviz # 失败！原因如下： |
如果还需要对图片进一步的美化和编辑，可以利用cytoscape工具。
看有的博客有说安装pip install graphviz libgraphviz-dev pkg-config等，发现真的没用。 于是选择方法二。【本文地址】
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