批量开发SSR标记软件:MISA的介绍 – 柳城博客

MISA工具提供批量识别和定位简单重复序列(SSR)，EST序列或是基因组序列都可以。另外，还提供一个与批量设计引物Primer3的接口工具，通过这个工具，可以把MISA识别出来的SSR，转为Primer3需要的格式，从而方便批量设计引物。

网址：http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/ 注：要运行MISA，首先要确保已经装了Perl

下面分别介绍一下几个工具(.pl是perl文件的后缀名)：

1，misa.pl 用法：perl misa.pl (注:要去掉。下同) FastaFile是放序列的一个文件名，全路径，注意不要有中文名或空格。Fasta格式。 另外配套一起的还有一个文件misa.ini，这是一个配置文件，设置识别SSR标记的标准。注意路径。路径错了就会提示错误，找不到该文件。 2，est_trimmer.pl 这是对EST序列而言的，可以去除EST序列中短的序列和两端不明确的碱基。 用法（例子）：perl est_trimmer.pl ESTs -amb=2,50 -tr5=T,5,50 -tr3=A,5,50 -cut=100,700 3，Primer3 的接口工具 p3_in.pl – 创建 Primer3的输入文件。 用法：perl p3_in.pl p3_out.pl – 解析Primer3设计引物后的输出文件。 用法：p3_out.pl

注：FASTAfile.misa文件是MISA的输出文件         FASTAfile.p3out是primer3的输出文件

大概就是这些，很不错的软件。具体问题具体分析，一些细节问题这里就不讲了。需要的话就琢磨琢磨。