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在有机化合物常见的元素中，H1、F19、P31、I127无天然同位素。O16和N14在分子中的数目一般不多，且其天然同位素丰度远少于1%(O18 0.2%，N15 0.37%)，对质谱同位素峰的强度贡献不大，通常可忽略不计。分子中常见C12原子的同位素C13，在自然界中的丰度为1.1%，当分子中的碳原子数较多时，C13的丰度可给出有益的信息，如C13峰强度是C12的10%时，可由此推算出分子中碳原子的数目约为9个。分子中含硅原子时，由于硅的天然同位素(Si28 100%，Si29 5.1%，Si30 3.4%)丰度皆可观；有机硅聚合物中的含硅原子数目通常比较多，可根据Si29(5.1%)、Si30(3.4%)的峰强度计算分子中硅原子的数目，这对有机硅化合物的相对分子质量测定很有帮助。硫原子S32在自然界中同位素S34的丰度为4.4%，可由S34峰的丰度准确地推算出分子中S原子的数目。氯的同位素丰度为Cl35 100%、Cl3732.5%，即Cl37约是Cl35的1/3；溴的同位素丰度为Br79 100%、Br81 98%，两个同位素峰强度相近；当含多个氯、溴原子时，可出现强度很大的A+2，A+4，A+6等系列峰。
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