基因家族分析(2) ggplot2绘制motif分析图

2024-01-26 13:04| 来源: 网络整理| 查看: 265

隔了这么长时间终于开始更新基因家族的第2篇文档了，绘制motif分析图。以往做这类分析都是通过TBtools此款软件，今天让我们通过ggplot2来绘制一个更加富有美感的motif图

meme官网(https://meme-suite.org/meme/tools/meme)上传我们的数据进行分析即可；由于我习惯使用本地版meme,如果您也喜欢本地版，可以运行以下命令进行分析：（此处使用的为氨基酸序列）

meme pep.fa -protein -oc gene-motif -maxsize 60000 -mod zoops -nmotifs 10 -minw 6 -maxw 50 -objfun classic -markov_order 0

可以看到官网提供的图如上所示，不算丑也不富有美感但是不利于我们进行拼图，下面让我们通过ggplot2来绘制一个高端的motif图

加载R包 pacman::p_load(ggtree,treeio,tidyverse,hablar, gggenes,ggseqlogo,patchwork) 定义颜色 colors tree.nwk ggtree绘制进化树 tree % ggtree(branch.length = "none")+ geom_tiplab(size=3,family="Times",fontface="italic")+ geom_point2(aes(subset=!isTip,fill=support),shape=21,size=2)+ scale_fill_continuous(low='green',high='red')+ xlim(NA,8)+ theme(legend.position = "non") tree

此处还可以针对基因分组信息对进化树进行进一步美化，再此就不进行展示了

绘制motif分布图

此处的motif.xls可根据meme官网的图整理数据，我一般根据本地版文件进行整理，此处根据进化树的基因顺序调整了Y轴顺序

motif % as_tibble() %>% convert(fct(gene,motif)) %>% ggplot(aes(xmin = start,xmax = end,y=gene,fill = motif)) + scale_fill_manual(values = colors)+ geom_gene_arrow(arrowhead_height = unit(3, "mm"), arrowhead_width = unit(0.1,"mm"))+ theme_genes()+ scale_y_discrete(limits=c("TA4","TA5","TA12","TA1", "TA9","TA3","TA11","TA6","TA13","TA7","TA14", "TA8","TA2","TA10"))+ylab(NULL)+ theme(legend.title = element_blank(), axis.text.y=element_blank()) motif patchwork进行图片拼接 log + {tree+motif+plot_layout(ncol = 2, width = c(1,3.2))}+ plot_layout(ncol = 1,height= c(1.5,3))

可以看到通过上面一套看似很繁琐，实则更繁琐的步骤我们得到了如上所示的motif的分析图，后面将继续介绍其余图形，敬请期待，感兴趣的小伙伴可以联系我获取本文数据

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