推荐2个核酸序列翻译成氨基酸序列的小工具

下面是默认的标准密码子表：

光说不练是假把式，这里用家鼠的AQP1序列（NM_007472.2）做简单的演示。回到首页，点New translate tool，进入新版translate tool的页面，如下，新版的用起来更舒服一点。

把核酸序列粘贴到序列框中，参数保持默认，点TRANSLATE按钮即可完成翻译。

在6个大的Frame中，选红色标记最长（中间无间断）的ORF作为翻译序列，如下图Frame1的第1个ORF。

ORFfinder

另一个在线小工具是NCBI的ORFfinder，如下：

网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/

使用方法和ExPASy Translatetool相似，在线版本的可提交的最长序列为50kb，当然也可以下载Linux本地版本，这样就没有序列长度的限制啦。这里仍以家鼠的AQP1序列（NM_007472.2）为例，这里将最小的ORF长度设为300nt，仅使用“ATG”作为起始密码，然后点 Submit 按钮。

结果如下，共找到两个ORF，其中ORF1 (193~1002)与ExPASy Translate tool得到的序列（269aa）完全一样。

在NCBI搜索AQP1序列（NM_007472.2），简单验证下这两个在线工具ORF的查找结果。可以看到两个工具的翻译结果与NM_007472.2的CDS区域翻译结果一致。

以上就是这两个在线工具的介绍，今天的内容就到这里啦~返回搜狐，查看更多