CTA血管减影详细教程附练习数据

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CTA血管减影方法概述任务：通过减影的方法分割脑血管。成像方式：注射增强药物前扫描的CTABrainBaseline图像和注射增强药物之后扫描的CTABrainContast图像。扩展模块：需要安装SlicerElastix和SlicerVMTK。 3DSlicer版本：Slicer-4.10或更高版本。数据下载练习数据分享软件数据官网CTA减影练习数据链接：https://pan.baidu.com/s/18oPPA5-jcS5NJzr3tPDY8w 提取码：mhzw

说明：CTABrainBaseline为未注射增强药物的CT，CTABrainContast为注射增强药物后的CTA。

方法使用 General registration (Elastix) 模块对CTABrainBaseline和CTABrainContast进行配准，最大程度地减少由于患者运动引起的伪影。使用 Subtract scalar volumes 模块从CTABrainContast图像中减去CTABrainBaseline图像。使用 Vesselness filtering 模块移除减影不全的骨板。在 Segment editor 模块中，使用 Threshold 效果提取血管。使用 Islands 效果 Keep largest island 方法去除多余的伪像。（可选）使用 Centerline extraction 模块计算容器中心线。要点：如果CTABrainBaseline图像和CTABrainContast图像之间只有刚性的患者运动，则 generic rigid (all) 可以使用配准预设，它会尝试通过应用刚性配准来对齐图像。它可能比使用变形配准更快捷。通过按Ctrl + F查找模块并开始输入其名称调整图像的窗宽/窗位以提高二维视窗中血管的可见性：在工具栏中单击“窗宽/窗位”鼠标模式（4.11版本才有），然后单击Ctrl +鼠标左键并拖动（从容器点开始）以设置最佳窗宽/窗位水平。示例加载[CTABrainBaseline.nrrd]和[CTABrainContrast.nrrd]体数据。可见明显的患者运动，为了最大程度地减少伪影，我们需要在减影之前对图像进行配准操作。

下图动画显示CTABrainBaseline和CTABrainContast图像之间的对比，明显可见患者增强扫描前后头部有运动。

转到 General registration (Elastix) 模块对于 Fixed volume 选择CTABrainBaseline 用于 Moving volume 选择CTABrainContast 供 Preset 选择 generic (all) 对于 Output volume ，选择 Create new Volume as... 并输入 CTABrainContastAligned 单击 Apply 并等待，直到配准完成（可能需要几分钟）

配准后的CTABrainBaseline和CTABrainContastAligned可见患者运动造成的误差减少。

转到 Subtract scalar volumes 模块以从CTABrainContastAligned减去CTABrainBaseline 供 Input volume 1 选择 CTABrainContrastAligned 供 Input volume 2 选择 CTABrainBaseline 对于 Output volume ，选择 Create new Volume as... 并输入 CTABrainSubtracted 请点击 Apply

image1167×333 121 KB 转到 Vesselness filtering 模块 Input volume 选择 CTABrainSubtracted 对于 Seed point 选择 Create new MarkupsFiducial 并单击图像中的血管点。提示：选择一个不容易分割的点，例如靠近骨骼表面但未被减影完全抑制的点。单击开始 Preview ，等待过滤器预览完成。

image1220×1214 374 KB 缩小切片视图并检查结果：骨骼的某些部分被检测为血管。通过打开 Advanced 截面并将 Suppress plates 值增加到35％（在此示例中使用的其他值： Minimum vessel diameter = 1体素， Maximum vessel diameter = 5体素， Vessel contrast = 52， Suppress blobs = 10％）来增加对骨板的抑制。

image2254×1214 861 KB 可选：通过删除当前点，然后在切片查看器中放置一个新点，在几个不同的位置检查过滤结果（单击旁边的垃圾桶图标 Seed point ，单击其旁边的箭头按钮，然后单击图像）。单击 Preview 按钮查看过滤结果。单击 Start 以对整个图像执行血管过滤。该操作可能需要几分钟。可选：在“ Volumes”模块中调整血管图像的可视化。将window（ W ）值设置为1.0，将level（ L ）值设置为0.5。设置 Threshold 到 Off 。

image-0061689×1018 158 KB 转到 Segment editor 模块。单击 Add 按钮创建一个新的Segment。双击 Color 列中的绿色矩形，开始键入 Artery 并单击 Enter 以确认Segment的名称和颜色。选择“Threshold effect”，将较低的阈值设置为0.7-以显示相关的血管，但仍保持可控制的伪影数量。点击 Apply 。

image-0071084×725 40 KB 以3D形式显示结果：取消选中按钮的 Surface smoothing 下拉菜单， Show 3D 以使3D显示更新更快，并防止血管缩小。然后单击 Show 3D button 以在3D视图中查看血管。

image2017×693 354 KB 要删除断开的非血管结构，请单击“ Islands 效果”，使用默认 Keep largest island 选项，然后单击“确定” Apply 。

阈值= 0.07的最终结果：

阈值= 0.15的最终结果：

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