GWAS分析

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GAPIT (Genome Associated Prediction Integrated Tool),是一个R包，使用Gapit可以进行全基因组关联分析和基因组预测（选择）。这个R包中包含各种模型（unified mixed model, EMMA, CMLMl和P3D/EMMAx等）用于GWAS分析。我认为这个R包对初学者是相当友好的，我们不用准备群体结构，亲缘关系文件等等，只需要准备两个文件，基因型文件和表型文件即可，GAPIT会自动帮你分析，做图。非常方便。

今天主要讲一下如何利用GAPIT进行GWAS分析。

接下来，我们看看如何安装GAPIT和如何使用该R包进行GWAS分析。 GAPIT网址（https://www.maizegenetics.net/gapit） GAPIT使用手册（https://zzlab.net/GAPIT/gapit_help_document.pdf）

第一步:加载R包-GAPIT

library(multtest) library(gplots) library(LDheatmap) library(genetics) library(ape) library(EMMREML) library(compiler) library("scatterplot3d") library(grid) source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R") source("http://zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt") #这两条命令可以下载一些GAPIT相关的R包，默认安装即可

注意：我使用的R版本为3.6.0, 对于不存在的R包，使用BiocManager::install("package name")进行安装。

第二步：准备文件，这里使用该R包带的示例文件

setwd("/Desktop/软件使用/GWAS/gapit/") #确定文件和结果路径

我们输入的文件分别是mdp_genotype_test.hmp.txt(基因型文件)和mdp_traits.txt（表型文件）。我们可以先看一下文件格式。

基因型文件：mdp_genotype_test.hmp.txt

基因型文件格式.jpg

数据格式为hapmap，后面也会继续给大家分享不同格式文件如何互相转换。前11列显示了SNP的属性，其余的列显示了群体中每个个体在每个SNP上观察到的基因型。第一行为标题标签，其余每行包含单个SNP的所有信息。

表型文件格式：mdp_traits.txt

表型文件格式.jpg

该表格以Tab键分隔，表格第一行是表头，包含四列。第一列：用于GWAS分析群体每个个体编号，缺失数据用NaN代替，个体编号要与基因型文件中个体编号保持一致。第二列到第四列：GWAS分析的表型，用户也可根据自己分析表型数量进行添加。

第三步：读入数据，并进行分析

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