HiC数据分析

白墨：一文读懂三维基因组(图文详解)zhuanlan.zhihu.com

Hi-C 技术源于基因组捕获技术（Chromosome conformation capture，3C），是分析染色质三维空间结构的一种测序方法，用于研究三维基因组。

什么是三维基因组？用途：

1、甲醛固定先加入甲醛将基因组中参与染色质互作作用的蛋白质凝固。一般将活体样本在室温用 1-3%的甲醛处理 10-30min，但是此步骤会减少限制内切酶对DNA序列的消化效率，需要严格控制。2、酶切序列用限制性内切酶切割基因组，打断后的片段大小会影响测序分辨率，一般有两种酶可供选择：6bp 的限制性内切酶，4bp 的限制性内切酶。后者具有更高的分辨率。EcoR1 或 HindIII 用于每4000bp切割一次基因组，在人类基因组中产生约100万个片段。[2]3、末端修复得到的片段具有平末端或粘性末端，然后将末端补平修复，加入生物素。4、连接及解交联使用 T4 DNA连接酶连接互作片段，形成环状。将连接DNA片段的蛋白质消化掉，得到交联片段。5、序列打断使用超声波或其他方式，再次打断片段。6、上机测序用磁珠将带生物素的捕获，制作文库，上机测序。

下图展示了目前主流三维基因组测序技术：

基因组捕获技术（Chromosome conformation capture，3C）是最早研究三维基因组的技术，需要提前知道互相作用区域，才能量化一对基因组基因座之间的互相作用。

染色体构象捕获芯片（Chromosome conformation capture-on-chip，4C ），可以捕获一个基因区域其他区域间的互相作用。该技术不需要知道作用区域的先验知识就可以使用。

染色体构象捕获碳拷贝（Chromosome conformation capture carbon copy，5C） ，可以检测某段区域内所有的互作，但是该区域一般