【测序实验】二代测序文库读长的影响因素

二代测序文库读长的影响因素-实验角度简介

一、现市场上，常见的文库长度种类 1)life的Ion Torrent平台： 该平台主要用于临床快速检测、产前诊断、疾病panl扩增子测序

PGM 测序仪：200bp、单端400bp、单端600bp（2017年发布） Proton 测序仪：200bp

优点：测序时间短 缺点：通量低，价格较高

Miseq ：PE300 (向下兼容PE150)——目前illunima读长最长的测序仪器，常用于宏基因组16S双区扩增子测序 Hiseq 2500：PE250——长度较长，通量较Miseq大 Hiseq 3000、Hiseq4000、Nextseq 500：PE150 Hiseq Xten：PE150 （illunima的性能怪兽，10台测序仪器同时测序，数据量按T级别产出） Novaseq ：PE150 （继Hiseq Xten的升级版，测序时间大大缩短至72个小时完成，单台含2个通道，最新的，S4芯片可以每个通道产出2T）

优点：通量大，测序质量高，性价比高 缺点：测序时间相对于life平台长，测序长度相对于三代平台短

总结：仪器的读长，决定了文库构建时的插入片段的长度，如PE150，则表示可以测通300bp之内的插入片段、PE300，则表示可以测通600bp之内的片段

二、测序实验对文库片段的影响因素——起始模板的片段化

特点： a. 文库构建的主峰呈正态分布，为保证所有样品都达到PE150，建库时，插入片段的主峰设为350bp，保证最大比例上，最短的序列也能达到300bp以上，可以获得更多的数据； b. 该种建库方法，组学类型一般不需要overlap。