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分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法,能够从原子层面给出体系的微观演变过程,直观的展示实验现象发生的机理与规律,促使我们的研究向着更高效、更经济、更有预见性的方向发展。 AMBER 程序入门学会编译方法,安装自己的 AMBER 可执行程序开始,依次讲授研究对象模型的获取与构建-体系预处理、能量优化、分子动力学模拟结果评估、结合自由能计算、相互作用机理分析、可视化、轨迹特征获取,并对经典文献进行复现分析等。 一. . 分子动力学入门理/ / 论 教学目标:了解本方向内容、理论基础、研究意义。 1 1 分子力学简介 1.1 分子力学的基本假设 1.2 分子力学的主要形式 2 2 分子力场 2.1 分子力场的简介 2.2 分子力场的原理 2.3 分子力场的分类及应用 二. . LINUX 入门 教学目标:掌握数值计算平台,熟悉计算机语言,能够使用vim编辑器简单编辑文件 3 LINUX 简介 3.1 用户属组及权限 3.2 目录文件属性 3.3 LINUX基础命令 3.4 LINUX环境变量 3.5 shell常用命令练习 三. . AMBER 简介及安装 教学目标:了解Amber软件历史发展,熟悉安装环境,支撑环境编译。 4 AMBER 简介和安装 4.1 GCC简介及安装 4.2 Open MPI简介及安装 4.3 AMBER安装运行 4.4 LIUUX操作练习 四. . 研究对象模型获取 教学目标:如何确立研究对象,熟悉蛋白数据库的使用,如何对研究对象建模。 5 模型文件的预处理 5.1 模型来源简介 5.2 蛋白文件简介 五. . 研究对象模型构建 教学目标:熟悉模型预处理流程,掌握输入文件的编写,能够独立完成体系动力学之前的准备工作。 6 模型文件的预处理 6.1 蛋白预处理 6.2 小分子预处理 6.3 AMBER力场简介 6.4 拓扑文件、坐标文件简介 6.5 top、crd文件的生成 6.6 tleap模块的使用 案例实践: HIV-1复合物的预处理 六. . 分子动力学模拟 教学目标:分子动力学流程,AMBER软件动力学原则,完成分子动力学模拟的操作练习。 7 能量优化、分子动力学模拟 7.1 能量优化意义以及方法 7.2 模拟温度调节意义及方法 7.3 溶剂模型分类及选择 7.4 动力学模拟输入文件的编写 7.5 运行分子动力学模拟 7.6 输出内容解读 7.7 练习答疑 案例实践: HIV-1复合体系能量优化、分子动力学模拟 七. . 结合自由能计算 教学目标:熟悉结合自由能计算的意义、MMPBSA方法以及流程。 8 焓变计算 8.1 实验数据分析及检索 8.2 MM/PBSA结合自由能计算原理 8.3 GB模型讲解及分类 8.4 焓变输入文件的编写 8.5 焓变结果解读 9 熵变计算 9.1 Nmode计算熵变原理 9.2 熵变输入文件的编写 9.3 熵变结果解读 9.4 实验值与理论值对照分析 案例实践: HIV-1与抑制剂之间结合自由能计算 八. . 可视化软件 教学目标:熟悉可视化软件获取渠道、软件安装以及基本使用,采用可视化软件辅助科研工作。 10 10 3D 3D 可视化分析 10.1 VMD安装和使用 10.2 Pymol 安装和使用 九. . 基于分子动力学的轨迹特征获取 教学目标:从动力学模拟出的构象出发,洞悉构象转变,解释实验想象,预测实验结果 11 11 构象分析 构象分析 11.1 RMSD分析 11.2 B-Factory 分析 11.3 RMSF分析 11.4 RG分析 11.5 VMD动画展示 11.6 距离角度测量 11.7 溶剂可及表面积(SASA) 十. . 基于能量的相互作用机理分析 教学目标:从能量角度出发,分析分子间、残基间、重要基团间相互作用机理,对实验提供理论指导 12 12 能量分析 能量分析 12.1 残基分解(相互作用分析) 12.2 丙氨酸扫描(寻找热点残基) 12.3 氢键网络(盐桥,pi-pi共轭等其它相互作用) 12.4 练习答疑 十一. . 经典工作复现 教学目标:引导初学者了解本方向中经典工作,复现工作中重要分析手段,加深同学对本方向的理解。 13 经典文献工作复现( ( 请同学在课前自行下载仔细阅读) ) 13.1 Nanoscale 2020, 12, 7134−7145. (a) (a) RMSD RMSD 和 2D_RMSD 检验模拟的稳定性 (b) (b) 结合自由能的对比与分析 结合自由能的对比与分析 © © 热力学积分计算相对结合自由能 热力学积分计算相对结合自由能 (d) (d) 氢键网络分析 氢键网络分析 (e) (e) 残基分解预测热点氨基酸 残基分解预测热点氨基酸 13.2 J. Chem. Inf. Model. 2021, 61, 7, 3529–3542 (a) 丙氨酸扫面预测热点氨基酸 (b) 残基接触( contact )分析 © 温度因子分析(B B- - facter )分析 (d) 溶剂可及表面积分析 (e) 伞状采样动力学再现解离机制 13.3 练习答疑 |
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