万能转换：R图转成Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等

2024-07-03 13:50| 来源: 网络整理| 查看: 265

R包export可以轻松的将R绘制的图和统计表输出到 Microsoft Office (Word、PowerPoint和Excel)、HTML和Latex中，其质量可以直接用于发表。

你和PPT高手之间，就只差一个iSlide

Excel改变了你的基因名，30% 相关Nature文章受影响，NCBI也受波及

特点

可以用命令将交互式R图或ggplot2、Lattice或base R图保存到Microsoft Word、Powerpoint或其他各种位图或矢量格式。

完全可编辑的Powerpoint矢量格式输出，支持手动整理绘图布局。

将统计分析的输出保存为Excel、Word、PowerPoint、Latex或HTML文档的表格形式。

自定义R输出格式。

安装

export包可以在Windows、Ubuntu和Mac上跨平台运行。不过有些Mac发行版默认情况下没有安装cairo设备，需要自行安装。如果Mac用户已安装XQuartz，这个问题就解决了，它可以从https://www.xquartz.org/免费获得。

官方CRAN发布 install.packages("export")

该包主要包括以下几种转换

graph2bitmap

graph2office

graph2vector

rgl2bitmap 转换3D图

table2office

table2spreadsheet

table2tex

graph2bitmap: 将当前R图保存到bmp文件中

graph2png: 将当前R图保存到png文件中

graph2tif: 将当前R图保存到TIF文件中

graph2jpg: 将当前R图保存为JPEG文件

使用帮助信息如下：

graph2bitmap(x = NULL, file = "Rplot", fun = NULL, type = c("PNG","JPG", "TIF"), aspectr = NULL, width = NULL, height = NULL, dpi = 300,scaling = 100, font =ifelse(Sys.info()["sysname"] == "Windows", "Arial", "Helvetica")[[1]], bg = "white", cairo = TRUE, tiffcompression = c("lzw", "rle", "jpeg", "zip", "lzw+p", "zip+p"), jpegquality = 99, ...)

aspectr: 期望纵横比。如果设置为空，则使用图形设备的纵横比。

width: 所需宽度(英寸);可以与期望的纵横比aspectr组合。

height: 所需高度(英寸);可以与期望的纵横比aspectr组合。

scaling: 按一定比例缩放宽度和高度。

font: PNG和TIFF输出中标签所需的字体; Windows系统默认为Arial，其他系统默认为Helvetica。

bg: 所需的背景颜色，例如“白色”或“透明”。

cairo: 逻辑，指定是否使用Cairographics导出。

tiffcompression: 用于TIF文件的压缩。

jpegquality: JPEG压缩的质量。

准备开始

安装完 export包后，先调用该包

library(export) 用ggplot2绘图 library(ggplot2) library(datasets) x=qplot(Sepal.Length, Petal.Length, data = iris, color = Species, size = Petal.Width, alpha = I(0.7))

qplot()的意思是快速作图，利用它可以很方便的创建各种复杂的图形，其他系统需要好几行代码才能解决的问题，用qplot只需要一行就能完成。

使用半透明的颜色可以有效减少图形元素重叠的现象，要创建半透明的颜色，可以使用alpha图形属性，其值从0（完全透明）到1（完全不透明）。更多ggplot2绘图见ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) （往期教程更有很多生物信息相关的例子）。

鸢尾花(iris)是数据挖掘常用到的一个数据集，包含150个鸢尾花的信息，每50个取自三个鸢尾花种之一（setosa,versicolour或virginica)。每个花的特征用下面的5种属性描述萼片长度(Sepal.Length)、萼片宽度(Sepal.Width)、花瓣长度(Petal.Length)、花瓣宽度(Petal.Width)、类(Species)。

在console里展示数据图（长宽比自己调节）：

导出图形对象 # 需运行上面的ggplot2绘图 # Create a file name # 程序会自动加后缀 filen

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