科学网

已有 12208 次阅读 2019-4-25 23:35 |个人分类:Molecular Simulation|系统分类:科研笔记| lammps, cif

- 使用VESTA打开cif格式（通常分子会显示到盒子外边，为了清楚显示盒子边界处的情况），如果此时直接保存为xyz文件的话，则显示的所有原子都被记录在xyz文件中，那么跑MD时会出现错误。

- Edit- edit data- unit cell- molecule 可以看到是正常显示为最小单元结构了

-保存成xyz

-用vmd打开，设置盒子大小 tk控制台输入 pbc set { a b c alpha beta gamma}  回车

-继续在tk输入pbc box，显示盒子大小

-在vmd观察周期性，检查是否正确（一般都是正确的）

-转化成lammpsdata文件：tk控制台输入 topo writelammpsdata *.data （default：full  / charge）

-文件输出到vmd的默认文件夹，如果不想的话可以先在tk中进入要输出的文件夹即可。

#注意检查data文件中键连，如果有金属配位的话，可能没有标出。